En 967, le village s’appelait « Cussiacus ». C’est seulement en 1269 qu’il fut baptisé « Cussey » pour la première fois. Son nom devint « Cuisens » en 1275 et se transforma au fil du temps en « Cussey sur l’Ognon ».

L’origine de cette appellation serait née de la racine celtique « Cus » qui signifie : rocher.

Sans doute nos ancêtres ont rajouté « sur l’Ognon », le nom de la rivière, pour marier l’eau et la pierre, comme l’inspire nos armoiries.

Cussey s’étale sur 755 hectares, dont 270 hectares de forêt, et culmine à 227 mètres d’altitude.

Le grand pont entre Cussey et Etuz délimite le département du Doubs et de la Haute-Saône. Les deux villages possèdent en commun l’église, le cimetière, les terrains de sport.